昌吉学院图书馆是于2001年，由昌吉师范专科学校图书馆、昌吉州教育学院图书馆和昌吉师范学校图书馆合并而成。目前，由北校区图书馆楼、南校区分馆组成，总面积7200平方米，设有9个流通书库、4个阅览室，阅览座位612个，提供图书外借、报刊阅览、参考咨询、文献复制、数据库检索等服务。昌吉学院图书馆拥有馆藏印型图书664729册、外文原版图书1013册、电子图书94508册。图书馆每年订购纸质中文图书45万册，中文期刊600余种；拥有知网CNKI全文数据库、维普中文科技期刊全文数据库全文版镜像站、超星数字图书馆等数字化文献资源。已初步形成了一个以本校重点学科为主，各学科共同发展，网络资源占有一定优势的馆藏体系。